1．统一领导，分级管理
我国的水运是一个多种经济成分、多层次的运输行业，在同一通航水域，就有各种不同的经济成分，不同隶属关系为水运企业承担着运输任务。交通部对水运企业的运价实行统一领导，交通部和各省、自治区、直辖市交通主管部门分级管理的方法。如交通部制定颁发的运价规则和运价率只适用于交通部进行直接价格管理的水运企业，各地水运企业执行各省、自治区、直辖市交通主管部门制定颁发的运价规则和运价率。
2．实行航区差别运价
通航水域各航行区段的情况不同，成本不同，各个水运企业的性质、隶属关系也不同，因此水运不能像铁路运输那样实行全国统一运价，只能实行航行区段的差别运价。如北方沿海货物运价、华南沿海货物运价、长江上游货物运价、长江中游货物运价、长江下游货物运价等。
3．按运输要求分别制定运价
普通货物运价，适用于绝大多数货种的货物运价。
特定运价，按特定季节、特定航线或特定货种规定的货物运价。如枯水运价、洪水运价就是特定的季节性运价；特种货物运输和各航区间的运输都有特定的运价规定。
